Così chiamata per l'edificio dov'era posta, già sede dei Ministeri di Stato, fu fondata con decreto del 12 luglio 1863 come biblioteca serale. Fu aperta al pubblico nel 1865. Alle opere appartenute ai disciolti dicasteri di Presidenza, Grazia, Giustizia e Culti, Finanza, Interno e Polizia, Estero e Istruzione Pubblica furono riunite quelle pervenutele dalla Biblioteca Palatina di Napoli, insieme a bellissimi mobili; si aggiunsero i fondi librari di alcuni monasteri soppressi, tra cui il monastero di Sant'Efrem Nuovo, di San Giorgio Maggiore, di Santa Maria la Nova, di Santa Brigida e di Santa Teresa. Il primo bibliotecario della San Giacomo, nominato per disposizione di Vittorio Emanuele II, fu Camillo Minieri Riccio. Nel 1875 la San Giacomo fu annessa alla Nazionale; fu la prima biblioteca ad essere trasportata, nel 1922, nella Reggia di Napoli. E' prevalentemente una raccolta di opere di carattere letterario, storico, sociale; è, inoltre, ricca di pubblicazioni ufficiali, di periodici ed anche di opere letterarie moderne. La sua consistenza è di circa 33.000 volumi e di 2.000 opuscoli. Il suo catalogo a schede è fuso nel catalogo generale della Nazionale e la segnatura di collocazione è strutturata in una sequenza di tre numeri arabi.